華厳宗の寺院で、日本三大文殊の第一霊場です。本尊は「知恵の文殊」として知られる文殊菩薩です。学業成就の祈願に多くの参拝客が訪れます。また陰陽師・安倍晴明ゆかりの地としても知られています。
645年（大化元年）孝徳天皇の勅願により左大臣・安倍倉橋磨呂が安部一族の氏寺として、南西300mの地に安倍寺（崇敬寺）を建立したのが起源と伝えられています。本堂本尊の文殊菩薩像（重要文化財）は、高さ7mの獅子にまたがる木彫極彩色の騎士像です。胎内から発見された造立願文（一字三礼の書・重要文化財）により、鎌倉時代を代表する仏師・快慶の作と判明しています。
境内には、縁結びの神として知られる白山堂（白山神社本殿・重要文化財）や、安倍仲麻呂像・安倍晴明像などを祀る仲麻呂堂（金閣浮御堂）、安倍氏一族の墓といわれる文殊院西古墳（特別史跡）、知恵の窟と呼ばれる文殊院東古墳（閼伽井窟（あかいくつ））などがあります。